天启七年，国剧变，年仅十八岁的崇祯帝上台，遂开始大刀阔斧改革，草率的九边换将给张飞以可趁之机，狼神联盟遂奇袭九边，得兰州、宁夏卫等西北诸镇，且兵锋深山西、北直隶数十县，威胁京师，得好无数，战事绵延数月刚率兵归北。
崇祯元年，陕西大旱，胡应雄、孙世杰引领神农十三营、孟氏兄弟领猎户十三营席卷关中，转战数省，引暴流民浪，同年肖天韧夫妇也在在伏牛山树起起义大旗，中原大战起，河南万余兵征伐，肖以攻为守，战事拖延数月，兵所过之地生灵涂炭，中原大乱，等兵开拔至秦岭已强弩之末，很快陷困境被数万义军围困三日全歼，至此秦岭方圆数百里十余县连一片，秦岭大营威振数省，其影响南方诸省各分区活动渐趋活跃。
崇祯二年，张飞率数百人南下泽州，沁河两岸风云起，依托太行大营基，义军闪电席巻晋东南，威胁太原，崇祯帝调集大军南北的对攻，张飞坐镇太行大营，先北守南攻，集中十余万义军，一举击溃川陕军七万余人，追击之黄河岸，俘虏五万大胜，晋南始休整，白展池率部守北线越战越强，张飞布千壑林阵，敌深，神农火营大发神威，杀敌万余，北线战局胶着状态，张飞改变主攻方向，依托太行山基频频袭敌后，抢得粮食、军需无数，数月后北军人心惶惶，太行大军实施心理攻势，组织二十万余人义军黎明发动波浪式进攻，北军边军锐崩溃，太行大军穷追百里，俘获三万余人，晋南、晋东南遂定，山西仅剩太原、大同等孤城遂不敢南向，晋义军开始休养生息。
崇视三年，神农十三营、猎户十三营攻汉中川东，连克数十县，神农十三营并中原战区，6月孟氏兄弟率猎户十三营反陕，所向披靡，兵至十余万，并在关中大败明军，8月川军陕，猎户军以退为进，老弱投降，主力则西退百里奔袭破十余县，9月川军残暴杀降，猎户军回再战，大破川军，俘数万，并分兵战各地，陕军皆降，10月孟氏兄弟整军进西安，崩塌城门，攻破坚城，完占陕省。
崇祯三年，张飞率五万太行大军南下黄河至秦岭大营，与秦岭大军、神农十三营会师，军力大振，遂四出攻击，河南、淮南大乱，崇祯帝急组南北军夹击。
张飞制定了运动战方略，张西毒率一部牵着北军转战四省数十县八百余里，肖天韧则率一部引南军北进，转战五省六十余县数千里，历时六个月，终摆脱追兵，兵锋渐胜。
张西毒、肖天韧的引蛇出动，为张飞的大动作创造了条件，赢得了时间，崇祯三年秋，阿金、赵小云率神农、秦岭、太行三部大军四十万突然南下，分数路杀湖广，与南方诸据点的支持下，势如破竹，完占湖广，并分兵攻江西、福建、广东、广西，占大半江南。
崇祯四年，明江西、两广告急，南直隶急兵三十余万明军南下支援，南直隶空虚，转战江淮的肖天韧大军汇合淮南义军三十余万突然南下，横渡长江，连克数十县，兵围南京，崇祯四年秋，南下支援的三十余万明军竟在江西溃败，南京苦撑月余终在肖天韧大军围攻下城破，肖天韧南京，与李天豪、陈廷玉等组阁，并分兵平乱整顿地方，江南初定，南省数万大明死忠纷纷被抄没家产投劳动改造所，实现了南方的平稳过渡。
崇祯四年，阿金大败南直隶援军，尽占江西、福建、两广之地并攻贵州，次年川，崇祯五年与汉中义军南北对进，攻占四川全境。
崇祯三年秋，张飞在长江北岸布防，顽强抵抗，艰难守住长江防线，明军战线过长攻势渐弱，崇祯三年冬，休整多时的同济十三营河南，攻掠二十余县，怀庆府不战而降，兵锋只抵黄河岸，近阳，明军被迫北返。
